Es gibt verschiedene Impfstoffe, die gegen unterschiedliche Meningokokken-Typen schützen. Neu sind so genannte Konjugatimpfstoffe, die sowohl für Kinder unter zwei Jahren als auch für Erwachsene geeignet sind. Sie sind gegen Meningokokken vom Typ C gerichtet und bewirken einen sehr guten, lang anhaltenden Schutz. Für Personen ab einem Alter von einem Jahr ist nur eine Impfung nötig; Säuglinge (ab dem vollendeten zweiten Lebensmonat bis zum 12. Lebensmonat) bekommen drei Impfungen.

Außerdem sind verschiedene sogenannte Polysaccharid-Impfstoffe auf dem Markt, die sich gegen die Typen A, C, W135 und Y richten. Sie sind allerdings erst bei Personen ab zwei Jahre wirksam und werden in der Regel Reisenden in den "Meningitisgürtel" Afrikas empfohlen. Es wird nur einmal geimpft, da diese Impfstoffe aber keinen andauernden Impfschutz bieten, muss im Abstand von drei bis fünf Jahren erneut geimpft werden, wenn weiter ein Ansteckungsrisiko besteht.

Polysaccharid-Impfstoffe sind nicht in der Lage, ein "immunologisches Gedächtnis" zu erzeugen. Das bedeutet, dass nach einigen Jahren keine ausreichender Impfschutz mehr besteht, weil unser Immunsystem vergisst, Abwehrstoffe (Antikörper) zu bilden - man muss also immer wieder nachimpfen. Der entscheidende Vorteil von Konjugatimpfstoffen ist, dass nach der Impfung Gedächtniszellen entstehen. Deshalb ist der Impfschutz sehr langanhaltend, möglicherweise besteht der Schutz sogar lebenslang.

Gegen den Typ B, der die meisten Infektionen verursacht, gibt es weltweit bislang keinen Impfstoff. Eine Ausnahme bildet ein im Juli 2004 in Neuseeland zugelassener Impfstoff, der für einen nur dort vorkommenden Meningokokken B-Stamm entwickelt worden ist und erfolgreich in einer nationalen Impfkampagne eingesetzt woden ist.